Скрипт читает cookie vk из базы данных Firefox в /home. Наверно это слишком привязано к браузеру. Можно ли реализовать авторизацию как-то ещё?

Можно, конечно, сделать авторизацию по логину и паролю, но это означает что онные будут хранится plain-text'ом.
Или добавить поддержку кукисов другого браузера. Какой Вы используете?

Или зарегистрироваться приложением контакта и использовать апи. Или использовать какое-нибудь хранилище пароля…

На сколько я понимаю, что бы зарегистрироваться приложением контакта, необходимо сообразить вебморду на flash или через iframe.

Совершенно точно нет. Приложения бывают не только внутренними флешками, но и обычными программами.

Не буду голословным: линк, нам интересен вариант standalone-приложения.

к сожалению их ни смс, ни звонок от робота, на мой мобильник не доходят (pardon)

Например Chrome очень распространен. Смысл в том, чтобы это было независимо от браузера. Просто текущий подход не изящный. Plain text - тоже.
Я понимаю, что поддержка использования VK API (как предложил Dark_SS) или oAuth-авторизации -- это еще большой кусок работы. Так скрипт будет универсальнее.
Удобно использовать keyring, например в Gnome.

И еще здорово создать requirements.txt с конкретными версиями библиотек, который сразу можно подсунуть pip (подробнее). Дополнительный плюс: -2 строчки в Readme :)